Студия Bee Train была основана 5 июня 1997 года Коити Масимо, прежде работавшим режиссером в Tatsunoko Production и в им же основанной небольшой фирме Mashimo Jimusho. Изначально Bee Train, наряду с XEBEC, считался дочерней фирмой Production I.G, однако в феврале 2006 студия отделилась и стала независимой компанией.
Цель Масимо, ради которой он открыл свою студию, состояла в том, чтобы создать т. н. «госпиталь для аниматоров» (англ. hospital for animators), то есть компанию, в которой человеческий подход был бы важнее корпоративного, а высшей целью стали бы не деньги, а самовыражение талантливых сотрудников и художественная ценность картин. По словам самого Масимо, он разработал такой подход в течение длительного времени, проведенного в больнице в связи с тяжелейшим несчастным случаем, случившимся с ним во время катания на горных лыжах [1], и с тех пор последовательно претворял в жизнь, являясь единственным режиссёром и вообще постоянным сотрудником студии.
Первыми проектами студии стали выпущенные в 1999 году аниме-адаптации популярных в Японии видеоигр: PoPoLoCrois, Arc the Lad, Wild ARMS: Twilight Venom и Medabots. Полученный при этом опыт очень пригодился студии, когда в 2002-м Bandai предложили ей создать OVA к небезызвестной игровой тетралогии .hack, а немного позднее — и полноценный аниме-приквел к играм, под именем .hack//SIGN ставшей, по мнению некоторых критиков, наиболее известной работой студии на сегодняшний день. Упомянутая OVA стала известна как .hack//Liminality, и каждая из четырёх её серий прилагалась к одной из видеоигр.
Однако первым полностью самостоятельным проектом студии стал Noir. Созданный почти одновременно с SIGN, но выпущенный на экраны в 2001-м, Noir немедленно стал культовым сериалом в Японии и за ее пределами, в первую очередь, в США и Германии. По словам Коити Масимо, Noir с самого начала планировался как первая часть будущей трилогии, объединенной общим поджанром «girls-with-guns» (англ. «девушки с пистолетами») , вторым эпизодом которой стал созданный в 2004 году сериал Madlax.
Необходимо отметить, что хотя Noir и Madlax считаются фактически визитной карточкой студии Bee Train и лично Коити Масимо, изначально идея создать нечто подобное принадлежала не ему, а исполнительному продюсеру обоих сериалов, Сигэру Китаяме. Директор анимации Сатоси Осава сформулировал мысль Китаямы, как желание изобразить контраст между «девичьей хрупкостью и оружием — символом силы» , что в данный момент считается одним из немногих канонических определений этого туманного поджанра. Однако даже несмотря на подобную расплывчатость, после успеха Noir интерес к жанру со стороны других фирм резко возрос, породив целый ряд идейно схожих с ним аниме, например, Gunslinger Girl (2003), что отмечали даже независимые обозреватели .
